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上海中医药大学的国家特色专业有：中医学（屠呦呦班）、中医学（“5+3”一体化）、中医学（五年制）等，以下为具体名单：
| 序号 | 学校名称 | 国家特色专业 |
| 1 | 上海中医药大学 | 中医学（屠呦呦班） |
| 2 | 上海中医药大学 | 中医学（“5+3”一体化） |
| 3 | 上海中医药大学 | 中医学（五年制） |
| 4 | 上海中医药大学 | 中药学 |
| 5 | 上海中医药大学 | 中医学（“5+3”一体化）（ 针灸推拿英语方向） |
| 6 | 上海中医药大学 | 针灸推拿学 |
第四轮学科评估结果
| 序号 | 一级学科名称 | 学校代码 | 学校名称 | 学科整体水平得分 |
| 1 | 中医学 | 10268 | 上海中医药大学 | A+ |
| 2 | 中西医结合 | 10268 | 上海中医药大学 | A+ |
| 3 | 中药学 | 10268 | 上海中医药大学 | A+ |
上海中医药大学简介：
上海中医药大学成立于1956年，是新中国诞生后国家首批建立的中医药高等院校之一，是教育部与地方政府“部市共建”的中医药院校，也是上海市重点建设的高水平大学。
学校有国家重点学科4个：中医外科学、中药学、中医内科学及中医骨伤科学;国家重点学科(培育)2个：中医医史文献学针灸推拿学;国家中医药管理局重点学科38个;上海市高峰高原学科4个。有2个教育部工程研究中心，3个教育部重点实验室，3个上海市重点实验室，7个国家中医药管理局重点研究室。中医学、中药学两个学科连续入选国家“双一流”建设学科高校名单并进入培优建设行列;在教育部公布的第四轮学科评估结果中，我校中医学、中药学、中西医结合三个学科全部进入最高等级的A+档，是全国中医院校中唯一取得3个A+学科的高校。
